L'estudi de l'associació a tot el genoma identifica nous llocs per a la malaltia renal en fase terminal atribuïda a la diabetis tipus 2 en afroamericans
Mar 04, 2022
Meiji Guan1,2, Jacob M. Keaton1,2, Latchezar Dimitrov1,2, Pamela J. Hicks1,2, Jianzhao Xu1,2, Nicholette D. Palmer1,2,3, Lijun Ma4, Swapan K. Das5, Yii-Der I Chen6, Josef Coresh7, Myriam Fornage8, Nora Franceschini9, Holly Kramer10,11, Carl D. Langefeld12,13, Josyf C. Mychaleckyj14, Rulan S. Parekh15, Wendy S. Post7, Laura J. Rasmussen-Torvik16, Stephen S. Rich14, , Jerome I. Rotter6,17, John R. Sedor18,19, Denyse Thornley-Brown20, Adrienne Tin7, James G. Wilson21, Barry I. Freedman4, Donald W. Bowden1,2,3, Maggie CY Ng1,2,3* i el Consorci FIND
Resum
Antecedents: Etapa finalronyómalaltia(ESKD) és un problema de salut pública important que afecta de manera desproporcionada els afroamericans (AA). La diabetis tipus 2 (DT2) és la principal causa d'ESKD als EUA, i els esforços per descobrir la susceptibilitat genètica a la malaltia renal diabètica (DKD) han tingut un èxit limitat. Un estudi previ d'associació a tot el genoma (GWAS) en AA amb T2D-ESKD es va ampliar amb casos addicionals d'AA i controls i genotips imputats al panell de referència de 1000 genomes de major densitat. L'anàlisi del descobriment va incloure 3.432 casos de T2D-ESKD i 6.977 controls no diabètics sense nefropatia (N = 10, 409), seguit d'una anàlisi de discriminació en 2756 controls de T2D que no són nefropaties per excloure les variants associades a T2D.
Resultats:Sis variants independents situades dins o propRND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, iAPOL1va aconseguir una associació significativa a tot el genoma (P <5×>−8) amb T2D-ESKD. Després de les anàlisis d'extensió el 1910no diabèticsEls casos d'ESKD i 908 controls no diabètics no de nefropatia, una metaanàlisi de 5.342 casos d'ESKD per totes les causes AA i 6.977 controls de no nefropatia no diabètics AA van revelar un nou locus ESKD per a totes les causes addicional aEFNB2(rs77113398;P = 9.84 × 10–9; O=1.94). L'exclusió deAPOL1Els portadors de genotips de risc renal van identificar dos loci addicionals significatius a tot el genoma associats a T2D-ESKD aGRAMD3iMGAT4C. Una segona variant aGNG7(rs373971520;P = 2.17 × 10–8, O=1.46) es va mantenir associat amb ESKD per totes les causes alAPOL1- anàlisi negativa.
Conclusions:Les troballes proporcionen més evidències dels factors genètics associats a la malaltia renal avançada en AA amb T2D.
Paraules clau:Afroamericans, estudi d'associació a tot el genoma, diabetis tipus 2, malaltia renal diabètica,Malaltia renal en fase terminal
Per a més informació poseu-vos en contacte amb:emily.li@wecistanche.com
Introducció
L'evidència creixent suggereix que els factors genètics tenen un paper important en la susceptibilitat a l'etapa finalronyómalaltia(ESKD). Això és especialment rellevant en els afroamericans (AA) on les taxes d'incidència d'ESKD són més de tres vegades més grans que els europeus americans (EA) [1]. Les taxes de mortalitat dels pacients amb ESKD, diàlisi i trasplantament són de 136, 166 i 30 per cada 1.000 pacient-any, respectivament, i representen el 7,2 per cent dels costos de reclamacions pagats per Medicare [1]. La diabetis, de la qual el 95 per cent dels pacients tenen diabetis tipus 2 (T2D), segueix sent la principal causa d'ESKD als Estats Units i representa més del 44 per cent dels casos [1]. Les millores en el control de la glucèmia, els lípids i la pressió arterial no han reduït notablement la prevalença de diabètics.ronyómalaltia(DKD) [1, 2]. A més, l'agregació familiar de DKD és independent de l'estat socioeconòmic i dels factors de risc ambientals establerts [3, 4]. Tot i que els al·lels G1 i G2 del gen de l'apolipoproteïna L1 (APOL1) contribueixen al 50-70 per cent de l'ESKD no diabètic en els AA, no expliquen completament l'excés de risc d'ESKD atribuït a T2D (T2D-ESKD) en aquesta població. 5–7].
Els estudis d'associació a tot el genoma (GWAS) han identificat més de 70 variants significatives a tot el genoma associades a la malaltia crònica.ronyómalaltia(CKD), albuminúria o funció renal en poblacions d'ascendència europea [8–11]. Tanmateix, pocs loci es van associar amb DKD en poblacions diverses i no es reprodueixen de manera consistent, en part a causa de les mides de mostra limitades [12–18]. L'etiologia de les complicacions renals en pacients amb T2D és probablement més heterogènia que en pacients amb diabetis tipus 1 [16]. Per tant, es requereix un fenotipat acurat i mides de mostra més grans per millorar la potència estadística. Per explorar l'arquitectura genètica de la malaltia renal avançada en la T2D, hem ampliat els nostres esforços anteriors de GWAS (2890 pacients amb ESKD i 1719 controls no diabètics sense nefropatia) a una mostra més gran d'AA amb greusronyómalaltia. Les anàlisis d'associació es van realitzar en sis cohorts AA independents (Wake Forest School of Medicine, WFSM; Family Investigation of Nephropathy and Diabetes, FIND; Atherosclerosis Risk in Communities Study, ARIC; Multi-Ethnic Study of Atherosclerosis, MESA; Jackson Heart Study, JHS; i Desenvolupament del risc de l'artèria coronària en adults joves, CARDIA) per a T2D-ESKD o ESKD no diabètic mitjançant un disseny d'estudi en diverses etapes (Fig. 1). Això abastava 15.075 AA classificats en quatre grups fenotípics: casos de T2D-ESKD (N=3432), controls de nefropatia no diabètics (N=6977), controls de nefropatia sense T2D (N {{16} }), i casos d'ESKD no diabètics (N=1910).
En l'etapa de descobriment, es va realitzar GWAS en 3432 casos T2D-ESKD i 6977 controls no diabètics i no nefropaties, seguit d'una anàlisi de discriminació per excloure els loci associats a T2D en 2756 controls de T2D no nefropaties. Les anàlisis d'extensió es van realitzar en 1910 AA amb ESKD no diabètics i 908 controls no nefropaties per avaluar la contribució dels loci associats a T2D-ESKD als no diabètics.ronyómalaltia. Una metaanàlisi de casos d'ESKD diabètics i no diabètics va avaluar les associacions genètiques en ESKD per totes les causes. APOL1-formes associades de no diabèticsronyómalaltiai la T2D sovint coexisteixen en pacients. Com a tal, molts pacients diabètics ambronyómalaltiaes pot classificar erròniament com a DKD, des del diagnòsticronyónormalment no es fan biòpsies. Aquí, es va realitzar una segona anàlisi GWAS que excloïa individus amb genotips de risc renal APOL1 per minimitzar la classificació errònia de T2D-ESKD.
Resultats
Visió general de l'estudi
Aquest estudi té un poder > 80 per cent per detectar variants comunes (MAF superior o igual a 0,10) amb un efecte moderat (OR superior o igual a 1,3) a un nivell de significació de 5 × 10−8 (http: //csg.sph.umich.edu/abecasis/ cats/). En total, set loci significatius per a tot el genoma (P<5× 10−8="" )="" associated="" with="" t2d-eskd="" were="" identified="" in="" either="" the="" baseline="" model="" (rnd3/rbm43,="" slitrk3,="" enpp7,="" gng7,="" and="" apol1)="" or="" apol1-negative="" model="" (enpp7,="" gramd3,="" and="" mgat4c).="" in="" addition="" to="" apol1,="" two="" loci,="" efnb2="" and="" gng7,="" also="" reached="" genome-wide="" significance="" in="" the="" all-cause="" eskd="" meta-analysis="" under="" either="" the="" baseline="" or="" apol1-negative="">
Característiques clíniques dels participants de l'estudi
Les taules 1 i 2 inclouen característiques detallades dels participants de l'estudi. Els casos ESKD es van reclutar dels estudis WFSM (Affy6.0, Axiom i MEGA), FIND i ARIC. Els individus amb T2D-ESKD o nefropatia mancada de T2D eren més grans (o d'edat similar) en comparació amb els controls no diabètics i no de nefropatia en el moment del reclutament. No obstant això, l'edat mitjana en el diagnòstic de T2D en casos de T2D-ESKD i controls de nefropatia sense T2D eren més joves que els controls no diabètics sense nefropatia en el moment del reclutament. Tots els controls sense nefropatia de T2D i els controls no diabètics i sense nefropatia tenien una FGe normal superior o igual a 60 ml/min/1,73 m2. A més, els controls no diabètics sense nefropatia tenien nivells de glucosa en dejú <126 mg/dl.="" els="" controls="" amb="" nefropatia="" sense="" t2d="" eren="" més="" obesos="" que="" els="" casos="" t2d-eskd="" o="" eskd="" no="" diabètics="" i="" els="" controls="" no="" diabètics="" i="" no="" nefropaties,="" tret="" que="" els="" casos="" t2d-eskd="" a="" aric,="" eren="" més="" obesos="" que="" els="" altres="">
Anàlisi d'associació T2D-ESKD de les etapes 1 i 2
En el descobriment de l'etapa 1, el GWAS es va dur a terme per separat en tres conjunts de dades: (1) 1513 casos de T2D-ESKD i 5299 controls de nefropatia no diabètics genotipats a Affy6.0, contribuït per WFSM, FIND, ARIC, JHS, MESA, i CARDIA (etapa 1a); (2) 1700 casos de T2D-ESKD i 770 controls no diabètics i no nefropaties de WFSM genotipats amb la matriu de genotipat Axiom Biobank (etapa 1b); i (3) 219 casos de T2D-ESKD i 908 controls no diabètics i sense nefropatia de WFSM genotipats a MEGA (etapa 1c). Es va realitzar una metaanàlisi (etapa 2) per combinar els resultats d'associació de 3432 casos de T2D-ESKD i 6977 controls no diabètics i no nefropaties de les etapes 1a, 1b i 1c. Es va observar un factor d'inflació λ d'1,013 després de corregir el control genòmic (fitxer addicional 1: figura S1), cosa que suggereix que l'estructura de la població i la relació críptica estaven prou ajustades. Entre les variants que demostren associacions suggeridores (P <1 ×="" 10−5),="" es="" van="" excloure="" 59="" variants="" amb="" i2="" superior="" o="" igual="" al="" 80="" per="" cent="" a="" causa="" de="" l'alta="" heterogeneïtat="" de="" les="" mides="" d'efecte="" entre="" els="" estudis.="" es="" van="" avaluar="" un="" total="" de="" 478="" variants="" restants="" en="" una="" anàlisi="" de="" discriminació="" (81="" d'elles="" van="" aconseguir="" una="" significació="" a="" tot="" el="" genoma;="" fitxer="" addicional="" 1:="" taula="">
Anàlisi de la discriminació etapa 3
Per determinar si les associacions T2D-ESKD identificades a la metaanàlisi de l'etapa 1 estaven motivades per l'associació amb T2D per se, es va realitzar una anàlisi de discriminació per a T2D contrastant 2756 AA amb nefropatia sense T2D amb 6977 controls no diabètics sense nefropatia. de l'etapa 1 (Affy6.0, Axiom, MEGA; fitxer addicional 1: taula S3). Posteriorment, vam excloure 174 de 478 variants associades a T2D-ESK D nominalment associades a T2D en absència de nefropatia. Entre les associacions T2D-ESKD restants, les variants principals que representen 6 associacions independents van assolir significació a tot el genoma (taula 3, figura 2a). L'associació més forta es va observar per a rs9622363 situat a APOL1 (P=1.42 × 1{0-10, O=0.77, EAF=0.45). Aquesta variant es trobava en un desequilibri d'enllaç moderat (r2=0.33 i 0,34, respectivament a YRI) amb els al·lels APOL1 G1 (rs60910145, rs73885319) associats a ESKD no diabètic [6]. La segona associació més forta es trobava a rs58627064, una variant intergènica situada prop de SLITRK3, (P=6,81 × 10−10, O=1,62, EAF=0,06). Dos senyals independents, rs142563193 (P=1,24 × 10−8 , OR=0,74, EAF=0,23) i rs142671759 (P=5,53 × 10 −9, OR=2.26, EAF=0.02) al cromosoma 17 situat a prop d'ENPP7, respectivament, també eren significatius per a tot el genoma. A més, dues associacions amb T2D-ESKD, rs4807299 (P=3.21 × 10−8 , OR=1.67, EAF=0.05) localitzades a GNG7 i rs72858591 (P Es van identificar=4.54 × 10−8, O=1.43, EAF=0.10) situats a RND3/RBM43 (Fig. 1a).
Anàlisi d'ESKD no diabètic de l'etapa 4 i metaanàlisi d'ESKD de totes les causes de l'etapa 5
Després de l'etapa de discriminació, es van provar 304 variants que presentaven una associació suggeridora amb T2D-ESKD (P <1 ×="" 10−5)="" en="" 1910="" casos="" independents="" d'eskd="" no="" diabètics="" i="" 908="" controls="" de="" l'etapa="" 1c.="" l'objectiu="" de="" l'anàlisi="" de="" l'etapa="" 4="" era="" avaluar="" la="" contribució="" dels="" loci="" associats="" a="" t2d-eskd="" als="" no="">ronyómalaltia. Després d'excloure variants amb heterogeneïtat I2 superior o igual al 80 per cent, 25 variants es van associar nominalment amb ESKD no diabètic (P <0, 05).="" es="" van="" observar="" associacions="" fortes="" (1,27="" ×="" 10−29="">< p="">< 8.86="" ×="" 10−15)="" a="" la="" regió="" apol{1-myh9,="" confirmant="" el="" seu="" paper="" en="" persones="" no="">ronyó malaltia. Es va realitzar una metaanàlisi d'ESKD per totes les causes, que inclou 5342 ESKD per totes les causes i 6977 controls de nefropatia no diabètics, per avaluar la generalització de les 25 variants associades a T2D-ESKD amb formes més àmplies d'ESKD (etapa 5). Es va trobar que trenta-cinc variants significatives a tot el genoma en dos loci estaven associades amb ESKD per totes les causes, incloses 15 variants dins o prop d'EFNB2 i 20 variants a APOL1 (Fig. 1b). L'associació superior a APOL1 era rs9622363 (P=1.96 × 10−25, OR=0.68, EAF=0.43), i el senyal superior a prop d'EFNB2 era rs77113398 (P=9,84 × 10−9 , O=1,94, EAF=0,023) (taula 4, figura 2b). Quatre loci independents addicionals van demostrar una associació suggeridora (P <5 ×="" 10−6)="" amb="" eskd="" per="" totes="" les="" causes="" a="" lpp,="" fstl5,="" oprk1="" atpv1h="" i="" sybu="" kcnv1="" (taula="" 4,="" figura="">
Anàlisi d'associació excloent els portadors del genotip de risc renal APOL1
Es va realitzar una anàlisi secundària excloent els portadors del genotip de risc renal APOL1 en casos de T2D-ESKD i controls de nefropatia no diabètics (model APOL1-negatiu) per enriquir l'ESKD associada a T2D. El model de referència va mostrar una forta associació d'APOL1 i MYH9 amb T2D-ESKD (taula 3, figura 1a), cosa que suggereix que alguns casos podrien haver estat classificats erròniament i més probablement tenien ESKD no diabètic. Es van excloure un total de 664 casos de T2D-ESKD i 918 controls no diabètics sense nefropatia de l'anàlisi de l'etapa 1, deixant 2768 casos de T2D-ESKD i 6059 controls al model APOL1-negatiu. Es van observar associacions nominals amb T2D-ESKD (P <1 ×="" 10−5)="" amb="" 522="" variants="" (66="" d'elles="" van="" aconseguir="" una="" significació="" a="" tot="" el="" genoma;="" fitxer="" addicional="" 1:="" taula="" s2),="" i="" es="" van="" seleccionar="" per="" a="" l'anàlisi="" de="" discriminació="" de="" l'etapa="" 3.="" es="" van="" eliminar="" dues-centes="" vint-i-tres="" variants="" que="" tenien="" evidència="" d'associació="" amb="" t2d="" per="" se="" (fitxer="" addicional="" 1:="" taula="" s4)="" i="" 24="" variants="" que="" mostraven="" una="" forta="" heterogeneïtat="" (i2="" superior="" o="" igual="" a="" 80)="" a="" la="" metaanàlisi.="" entre="" les="" variants="" significatives="" a="" tot="" el="" genoma="" identificades="" al="" model="" de="" referència,="" rs142671759="" a="" enpp7="" (p="4.10" ×="" 10−8,="" or="2.30," eaf="0.024)" va="" mostrar="" un="" associació="" coherent="" amb="" t2d-eskd="" en="" el="" model="" negatiu="" apol1-.="" dues="" variants="" addicionals="" van="" assolir="" significació="" a="" tot="" el="" genoma,="" rs75029938="" a="" gramd3="" (p="2.02" ×="" 10–9="" ,="" or="1.89," eaf="0.042)" i="" rs17577888="" a="" la="" regió="" mgat4c="" (p="3,87" ×="" 10−8="" ,="" o="0,67," eaf="0,087)" (taula="" 5,="" figura="">
A més, vam provar 275 associacions suggeridores de T2D-ESKD que van superar la discriminació i tenien I2 < 80="" en="" 1019="" casos="" addicionals="" d'eskd="" aa="" no="" diabètics="" que="" excloïen="" els="" portadors="" de="" genotip="" de="" risc="" renal="" apol1.="" quinze="" variants="" van="" mostrar="" evidència="" nominal="" d'associació="" amb="" eskd="" no="" diabètic.="" posteriorment="" es="" van="" provar="" en="" una="" metaanàlisi="" d'eskd="" per="" totes="" les="" causes="" que="" incloïa="" 3.787="" casos="" d'eskd="" per="" totes="" les="" causes="" i="" 6.059="" controls="" no="" diabètics="" sense="" nefropatia="" dels="" quals="" es="" van="" excloure="" els="" portadors="" del="" genotip="" de="" risc="" renal="" apol1.="" una="" 2-supressió="" del="" parell="" de="" bases="" a="" gng7,="" rs373971520="" (p="2,17" ×="" 10−8,="" or="1,46," eaf="0,11)," aconseguida="" a="" tot="" el="" genoma="" associació="" significativa="" amb="" eskd="" per="" totes="" les="" causes="" (fig.="" 3b).="" set="" loci="" addicionals="" mostraven="" una="" associació="" nominal="" amb="" eskd="" per="" totes="" les="" causes="" (p="">< 5="" ×="" 10−6="" ),="" inclosos="" lpp,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" i="" sulf2/linc01522="" (taula="" 6).="" les="" associacions="" principals="" del="" model="" de="" referència="" tenien="" una="" atenuació="" moderada="" insignificant,="" malgrat="" les="" mides="" d'efectes="" similars,="" a="" causa="" en="" part="" de="" la="" mida="" de="" la="" mostra="" reduïda="" (fitxer="" addicional="" 1:="" taula="" s5).="" a="" més,="" es="" va="" realitzar="" un="" tercer="" gwas="" amb="" apol1="" inclòs="" com="" a="" covariable="" al="" model="" (model="" ajustat="" apo="" l{1-)="" i="" comparant="" els="" valors="" de="" −log="" (p)="" amb="" models="" de="" referència="" i="" apol1-negatius.="" es="" va="" observar="" una="" alta="" correlació="" (coeficient="" de="" correlació="" de="" la="" persona="" r="0,95)" entre="" els="" models="" apol1-ajustats="" i="" apol1--="" negatius.="" els="" resultats="" de="" les="" tres="" comparacions="" s'inclouen="" a="" la="" documentació="" complementària="" (fitxa="" addicional="" 1:="" figura="">
Discussió
Informem els resultats d'un GWAS d'alta densitat que investiga la susceptibilitat genètica a T2D-ESKD en 15.075 AA. Posteriorment es van avaluar les principals variants associades a T2D-ESKD per a l'associació amb ESKD no diabètica i es va realitzar una metaanàlisi per comprovar la seva generalització a les formes comunes d'ESKD. Vuit associacions independents en set loci genètics van mostrar una associació significativa a tot el genoma amb T2D-ESKD en els models de referència o APOL1-negatius, inclosos RND 3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 i MGAT4C. A més d'APOL1, es van associar dos loci significatius a tot el genoma amb ESKD, EFNB2 i GNG7 per totes les causes. A més, 10 loci genètics van demostrar una associació nominal amb ESKD per totes les causes (P <5 ×="" 10−6),="" incloent="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atp6v1h,="" sybu/kcnv1,="" alk/ypel5,="" mnx{{37}as1/ube3c,="" nup="" 98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" i="" sulf2/lin="">
L'associació més significativa entre T2D-ESKD (OR=0.77, P=1.42 × 10−10) i ESKD per totes les causes (OR=0.69, P {{11 }}.96 × 10−25) al model de referència era una variant intrònica rs9622363 a la regió APOL1 associada a persones no diabèticsronyó malaltiaen individus amb ascendència africana. El condicionament dels al·lels APOL1 G1 i G2 disminueix dràsticament la seva importància [6]. S'informa que rs9622363 altera els motius d'unió del factor de transcripció (TF) (fitxer addicional 1: taula S6). En un estudi recent, els al·lels rs9622363 i APOL1 G1 van formar un haplotip que va aconseguir l'associació més forta amb la CKD als nigerians [19]. A diferència de G1 o G2, l'al·lel principal de rs9622363 (G, EAF=0.57) està associat amb el risc d'ERC. Després d'excloure els portadors de genotip de risc renal APOL1, l'associació amb rs9622363 es va atenuar. Això va confirmar que els al·lels rs9622363 i APOL1 G1 i G2 contribueixen al mateix senyal. La identificació de rs9622363 al model de referència pot suggerir una classificació errònia d'alguns casos com a T2D-ESKD.
Una variant intergènica (rs72858591) situada entre un gen de proteïna GTPasa RND3 i RBM43, que codifica la proteïna 43 del motiu d'unió a l'ARN, va revelar una associació significativa a tot el genoma amb T2D-ESKD. S'associa amb els canvis de motiu d'unió de TF i se superposa amb les regions promotores i potenciadores (fitxer addicional 1: taula S6). Una variant intergènica independent (rs7560163, r2=0.01, YRI) en aquesta regió es va associar prèviament amb T2D en AA [20]. En canvi, rs72858591 no es va associar amb T2D (P=0.073) en el present estudi. Això pot suggerir que dos conjunts diferents de variacions en aquest locus contribueixen de manera independent a T2D i T2D-ESKD, un possible efecte pleiotròpic. Dues variants independents (rs142563193 i rs142671759) que estaven associades significativament a tot el genoma amb T2D-ESKD es troben a prop d'ENPP7. Aquestes variants es superposen amb regions potenciadores i promotores, pics hipersensibles a la DNasa i/o motius d'unió a TF (fitxer addicional 1: taula S6). La proteïna codificada per ENPP7 és una esfingomielina fosfodiesterasa alcalina intestinal que converteix l'esfingomielina en ceramida i fosfocolina. S'ha informat que ENPP7 afecta l'absorció de colesterol [21], i nombrosos estudis suggereixen que els nivells de colesterol de lipoproteïnes d'alta densitat són factors de risc per a la ERC en pacients amb diabetis [22–24].
Dues variants situades a GNG7 es van associar amb T2D-ESKD (rs4807299; P=3.21 × 10−8 , model de referència) o amb ESKD per totes les causes (rs373971520; P=2.17 × 10−) 8; APOL1-model negatiu). Rs4807299 s'associa amb els canvis de motiu d'unió de TF i es solapa amb les regions promotores i potenciadores (fitxer addicional 1: taula S6). GNG7 codifica la subunitat de proteïna G Gamma 7, implicada en la funció del sistema nerviós central [25] i el risc de càncer [26, 27].
Atès que els afroamericans amb diabetis i proteinúria sovint no reben una biòpsia renal diagnòstica, normalment es suposa que la seva ESKD ha estat causada per DKD. No obstant això, l'APOL1-associa els no diabèticsronyómalaltiapot ser la veritable causa de la malaltia renal en molts d'aquests pacients. Les anàlisis que exclouen els portadors del genotip de risc renal APOL1 van crear un grup de casos més homogeni i van oferir una oportunitat per descobrir l'arquitectura genètica de T2D-ESKD que és independent de l'efecte APOL1. En el model APOL1-negatiu, a més de replicar ENPP7 identificat al model de referència, dos nous loci
va aconseguir una associació significativa a tot el genoma amb T2D ESKD: GRAMD3 (rs75029938; P=2.02 × 10−9 ) i MGA T4C (rs17577888; P=3.87 × 10−8 ). L'anotació funcional va suggerir que ambdues variants estan coubicades amb motius d'unió TF. Rs75029938 pot caure en regions potenciadores i promotores, i rs17577888 es va associar amb l'abundància de transcripció del gen FLVCR1 en monòcits de sang perifèrica (P=6.41 × 10−6; fitxer addicional 1: taula S6). La variació genètica en GRAMD3 s'ha associat amb l'adipositat en una metaanàlisi de tot el genoma multiètnic [28]. Estudis anteriors suggereixen que l'obesitat és un factor de risc important per a la DKD [29]. MGAT4C codifica Mannosyl (Alfa-1,{3-)-Glicoproteïna Beta{-1,{4-N-Acetilglucosaminiltransferasa, Isozima C, que participa en la transferència de N-acetilglucosamina (GlcNAc) als residus nuclis de manosa dels glicans lligats a N. La possible implicació de MGAT4C en DKD requereix més estudi.
Aquesta anàlisi va incloure una cohort d'AA amb ESKD no diabètic per avaluar la generalització dels loci associats a T2D-ESKD en formes comunes de CKD. La metaanàlisi que combina casos amb T2D-ESKD i ESKD no diabètic va identificar dos nous loci significatius a tot el genoma associats amb ESKD per totes les causes a més d'APOL1; rs77113398 a prop d'EFNB2 (P=9,84 × 10−9; model de referència) i rs373971520 a GNG7 (2,17 × 10−8; APOL1-model negatiu). Rs77113398 se superposa amb el potenciador, les regions promotores i els pics de DNasa (fitxer addicional 1: taula S6). Les exploracions anteriors del genoma en AA van identificar evidències significatives d'enllaç amb ESKD al cromosoma 13q33, inclosa la regió EFNB2 tant en ESKD diabètic com en ESKD no diabètic [30, 31]. Un estudi de seguiment va examinar 28 variants d'etiquetatge que abasten 39 quilobases (kb) de la regió de codificació EFNB2 va demostrar associacions nominals entre dues variants i ESKD per totes les causes [32]. Tanmateix, aquestes variants informades no estaven correlacionades amb rs77113398. L'efrina-B2 (EFNB2) s'expressa a la nefrona en desenvolupament; les interaccions entre l'efrina-B2 i els seus receptors tenen un paper important en el conjunt microvascular glomerular [33]. A més, la senyalització inversa d'efrina-B2 protegeix contra la rarefacció capil·lar peritubular mitjançant la regulació de l'angiogènesi i l'estabilitat vascular durantronyólesió[34]. L'efrina-B1 també es co-localitza amb la proteïna associada al CD2- (CD2AP) i la nefrina al diafragma de l'escletxa del podòcit i té un paper important en el manteniment de la funció de barrera al diafragma de l'escletxa [35]. Els ratolins transgènics de la quinasa del receptor d'efrina B4 desenvolupen glomerulopatia, que es manifesta per arterioles aferents i eferents fusionades que obvien els glomèruls [36]. Així, diverses línies d'evidència donen suport a la potencial associació d'EFNB2 amb CKD i és l'associació subjacent del gen causal més prometedor de rs77113398.
Aquest estudi té punts forts i limitacions. Tot i que el disseny de l'estudi en diverses etapes tenia una bona potència, incloent 15.075 AA, no tenia replicació de les associacions T2D-ESKD, especialment per a variants rares. A més, diversos senyals significatius a tot el genoma van mostrar mides de l'efecte significativament diferents entre les etapes, cosa que probablement es va atribuir a les diferències de mida de la mostra entre les etapes i una conseqüència de la "maledicció del guanyador", un fenomen que descriu que la veritable mida de l'efecte genètic està sobreestimada a causa de la constatació positiva inicial. Es necessita una replicació futura per confirmar aquestes troballes. Hi ha poques altres col·leccions existents amb mostres adequades en AA; això limita els esforços de replicació. A més, és difícil excloure tots els individus classificats incorrectament amb DKD a causa de la manca freqüent de biòpsies renals. Per tant, vam excloure amb cura les mostres amb ESKD atribuïdes a etiologies no diabètics basades en fenotips clínics i, posteriorment, vam excloure els portadors de genotips de risc renal APOL1 amb alt risc d'ESKD no diabètics. Això hauria de minimitzar la classificació errònia.
Conclusió
En conclusió, es va realitzar un GWAS en AA amb T2D-ESKD i set loci genètics mostraven evidències significatives d'associació a tot el genoma, incloent RND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 i MGAT4C. Més enllà d'APOL1, EFNB2 i GNG7 també es van associar amb ESKD no diabètics i van revelar una associació significativa a tot el genoma amb ESKD per totes les causes. Es requereixen futures investigacions que incloguin la replicació genètica i la validació experimental d'aquestes associacions recentment identificades per avaluar els seus impactes potencials en els processos biològics que condueixen a una DKD avançada en poblacions amb ascendència africana recent.
Mètodes
Participants de l'estudi
Els participants de l'estudi van ser reclutats per la Wake Forest School of Medicine (WFSM; N=8052), Family Investigation of Nephropathy and Diabetes (FIND; N=926), Jack son Heart Study (JHS; N {{2}) }}), Estudi del risc d'aterosclerosi a les comunitats (ARIC; N=2221), Desenvolupament del risc de l'artèria coronària en adults joves (CARDIA; N=912) i Estudi multiètnic de l'aterosclerosi (MESA; N { {6}}). Les anàlisis van ser aprovades pels consells de revisió institucionals locals i tots els participants van proporcionar el consentiment informat per escrit. Es va considerar que els casos tenien T2D-ESKD, inclosa la DKD severa, quan es va diagnosticar diabetis superior o igual a 5 anys abans de l'inici de l'ESKD o amb retinopatia diabètica per garantir una durada adequada de la T2D, amb teràpia de substitució renal, taxa de filtració glomerular estimada ( eGFR) Inferior o igual a 30 ml/min/1,73 m2 (CKD4), o relació albúmina d'orina a creatinina (UACR) Major o igual a 300 mg/g (macroalbuminúria). Els participants amb CKD4 o macroalbuminúria (N=138) es van incloure com a casos donat el seu alt risc de desenvolupar ESKD. La T2D es va diagnosticar segons els criteris de l'Associació Americana de Diabetis amb una glucosa en sang en dejú superior o igual a 126 mg/dl, 2-h de la prova de tolerància oral a la glucosa glucosa superior o igual a 200 mg/dl, glucosa aleatòria superior o igual a 200 mg/dl, ús de medicaments per a la diabetis o diabetis diagnosticada pel metge. Els casos amb ESKD no diabètica no tenien diabetis (o tenien T2D durant < 5="" anys)="" a="" l'inici="" de="" la="" teràpia="" de="" reemplaçament="" renal,="" i="" l'eskd="" es="" va="" atribuir="" a="" una="" malaltia="" glomerular="" crònica="" (per="" exemple,="" glomerulosclerosi="" segmentària="" focal),="" nefropatia="" associada="" al="" vih,="" hipertensió="" o="" desconeguda.="" causa.="" pacients="" amb="" eskd="" atribuïda="" a="" causes="" quirúrgiques="" o="" urològiques,="">malaltia de ronyó, malaltia autoimmune, hepatitis, nefropatia IgA, glomerulonefritis membranosa, glomerulonefritis membranoproliferativa o monogènicaronyómalaltiesvan quedar exclosos. Els controls no diabètics sense nefropatia van incloure participants sense diabetis oronyó malaltia(eGFR superior o igual a 60 ml/min/ 1,73 m2 i UACR < 30="" mg/g).="" els="" subjectes="" amb="" nefropatia="" sense="" t2d="" tenien="" una="" fge="" superior="" o="" igual="" a="" 60="" ml/min/1,73="" m2="" i="" uacr=""><30>
Preparació de mostres, genotipat, imputació i control de qualitat
Els participants de l'estudi van ser genotipats a tot el genoma mitjançant tres plataformes diferents: (1) 8704 mostres reclutades de WFSM, ARIC, CARDIA, JHS, MESA i FIND es van genotipar al polimorfisme d'un sol nucleòtid humà a tot el genoma d'Affymetrix. (SNP) matriu 6.0 (Affy6.0); (2) 3133 mostres reclutades de WFSM es van genotipar a l'Affymetrix Axiom Biobank Genotyping Array (Axiom); i (3) 3238 mostres reclutades de WFSM es van genotipar a la matriu de genotips multiètnics Illumina (MEGA). El control de qualitat i la imputación es van realitzar per separat per cada plataforma de genotipat tal com es descriu a continuació.
Les variants que passaven el control de qualitat (QC) es van imputar a un panell de referència d'haplotips combinat, inclòs el panell de referència cosmopolita de la fase 3 de 1000 genomes (versió d'octubre de 2014) [37] i una versió del panell de referència del Projecte de variació del genoma africà (AGVP) que inclou 640 variants. Haplotips d'ascendència africana proporcionats per l'Associació AfricanaRecerca de malalties cròniquesi Wellcome Trust Sanger Institute [38]. La fase prèvia es va realitzar mitjançant SHAPEIT2 [39] i la imputación es va realitzar mitjançant IMPUTE2 [40]. El control de qualitat posterior a la imputació es va dur a terme per excloure variants amb desajustaments al·lels o amb una gran discrepància de freqüència (més o igual a 0,2) amb el panell de referència (0,2 × freqüència en EUR més {{ 13}},8 × freqüència en AFR) i puntuació d'informació d'imputació <0,4. es="" va="" genotipar="" directament="" un="" subconjunt="" de="" mostres="" per="" a="" variants="" apol1="" g1="" i="" g2="" mitjançant="" sequenom="" (sequenom,="" san="" diego,="" ca).="" la="" concordança="" va="" ser="" del="" 95="" per="" cent="" amb="" els="" genotips="">
Affy6.0 conjunts de dades
Tal com es va descriure anteriorment [41], es van genotipar amb Affy6 1513 casos T2D-ESKD, 5299 controls no diabètics no nefropaties i 1892 controls T2D no nefropaties de cohorts WFSM, FIND, JHS, ARIC, CARDIA i MESA. 11}} (Taula 1). En cada estudi, es van aplicar mesures estàndard de control de qualitat per excloure variants amb una taxa de trucada < 95="" per="" cent="" ,="" freqüència="" d'al·lel="" menor="" (maf)=""><0.01 o="" que="" mostraven="" una="" sortida="" de="" l'equilibri="" de="" hardy-weinberg="" (hwe)="" (p=""><0,0001). es="" va="" realitzar="" un="" control="" de="" qualitat="" de="" la="" mostra="" per="" excloure="" subjectes="" amb="" taxes="" de="" trucades="">< 95="" per="" cent,="" contaminació="" d'adn,="" duplicats="" o="" valors="" atípics="" de="" la="" població.="" atès="" que="" cardia,="" jhs="" i="" mesa="" no="" tenien="" casos="" amb="" t2d-eskd,="" es="" van="" combinar="" mostres="" d'aquests="" estudis="" per="" a="" anàlisis="" d'imputació="" i="" associació="" juntament="" amb="" wfsm,="" find="" i="">
Conjunt de dades Axioma
A WFSM, es van genotipar 1700 casos AA amb T2D-ESKD, 770 controls AA sense diabetis ni nefropatia i 663 controls AA amb T2D que no tenien nefropatia en una matriu de genotipat Axiom personalitzada (taula 2). S'ha informat anteriorment d'informació detallada de variants, disseny de contingut personalitzat, inclòs un cartografia fi de regions candidates, mètodes de genotipat i control de qualitat [42]. En resum, aquesta matriu incloïa aproximadament 264.000 variants de codificació i insercions/eliminacions (indels), 70.000 variants de pèrdua de funció, 2.000 variants farmacogenòmica, 23.000 marcadors eQTL, 246.000 marcadors d'etiquetes de genoma basats en població multiètnica i 115.000 personalitzats. marcadors de contingut. Es van excloure variants amb taxes de trucada < 95="" per="" cent,="" sortida="" de="" hwe="" (p=""><0,0001) i="" variants="" monomòrfiques.="" es="" van="" demanar="" amb="" èxit="" un="" total="" de="" 724.530="" variants="" per="" al="" control="" de="" qualitat,="" la="" imputación="" i="" les="" anàlisis="" aigües="" avall.="" es="" va="" realitzar="" un="" control="" de="" qualitat="" de="" la="" mostra="" per="" excloure="" les="" persones="" amb="" taxes="" de="" trucades="" baixes="">< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="">
MEGA conjunt de dades
A WFSM, es van genotipar a la matriu MEGA 1910 casos d'ESKD no diabètics, 219 casos d'ESKD T2D, 201 controls amb T2D sense nefropatia i 908 controls no diabètics sense nefropatia (taula 2). Aquesta matriu es va dissenyar per millorar la cartografia fina i el descobriment funcional augmentant la cobertura de variants en múltiples ètnies. La matriu inclou (1) contingut troncal que conté variants altament informatives per a GWAS i anàlisis d'exoma en poblacions ancestralment diverses i (2) contingut personalitzat que s'utilitza per replicar o generalitzar associacions GWAS d'índex, augmentar les variants d'etiquetatge GWAS a les regions prioritàries, millorar el contingut de l'exoma a les regions prioritàries. , mapejar els loci GWAS, identificar variants reguladores funcionals, explorar variants mèdicament importants i identificar nous loci variants a les vies candidates [43]. El genotipat es va realitzar a WFSM. L'ADN dels casos i els controls es va intercalar igualment a 96-plaques de pous per minimitzar els errors artefactius durant el processament de la mostra. Un total de 48 mostres seqüenciades com a part del Projecte 1000 Genomes [44] a l'Institut Coriell d'Investigació Mèdica es van incloure en el genotipat i tenien una taxa de concordança del 98,57 per cent. La crida del genotip es va realitzar mitjançant Genome Studio (Illumina, CA, EUA). Es van eliminar variants amb posició que faltava, al·lel que faltava, desajust d'al·lel, taxes de trucada < 95="" per="" cent,="" sortida="" de="" hwe="" (p="">< 0,="" 0001),="" diferència="" de="" freqüència=""> 0, 2 en comparació amb el panell de referència de la fase 3 del projecte Genome 1000 i es van eliminar variants monomòrfiques. Es van comparar diversos conjunts de sondes i només es va mantenir el que tenia la taxa de trucada més alta. Es van demanar amb èxit un total de 1.705.970 variants per al control de qualitat, la imputación i les anàlisis aigües avall. Es va realitzar un control de qualitat de la mostra per excloure les persones amb una taxa de trucades baixa (< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="" outliers.="" dna="" swapping="" was="" identified="" and="">
Anàlisi estadística
Etapa de descoberta
Hem utilitzat un disseny d'estudi en diverses etapes per identificar variants associades a T2D-ESKD i el seu paper potencial en ESKD per totes les causes. En l'etapa de descobriment, es van incloure 3432 casos de T2D-ESKD i 6977 controls de nefropatia no diabètics dels tres conjunts de dades (Fig. 1). Es va realitzar una anàlisi d'associació per a cada conjunt de dades mitjançant un mètode logístic de model mixt implementat al programa GMMAT [45] sota un model genètic additiu. Aquest mètode controla l'estructura de la població i la relació críptica mitjançant la inclusió d'una matriu de relacions genètiques (GRM) estimada a partir d'un conjunt de variants autosòmiques d'alta qualitat com a efecte aleatori. L'anàlisi dels components principals es va realitzar mitjançant EIGENSOFT [46] per a cada plataforma de genotipat. El primer vector propi (PC1) juntament amb l'edat i el sexe es va utilitzar com a covariables. Es va realitzar una metaanàlisi en els tres conjunts de dades mitjançant un mètode de ponderació de variància inversa d'efectes fixos implementat a METAL [47]. Es van seleccionar associacions suggeridores per a T2D-ESKD amb P <1 ×="" 10−5,="" recompte="" d'al·lels="" menors="" (mac)=""> 400 i heterogeneïtat I2 < 80="" per="" a="" l'anàlisi="" de="">
Etapa de discriminació
Per determinar si els loci putatius associats a T2D-ESKD en l'etapa de descobriment estaven motivats per associacions amb T2D per se, una metaanàlisi que combinava 2756 AA amb nefropatia sense T2D i 6977 controls de nefropatia no diabètics dels tres conjunts de dades (Affy6). .0, Axiom i MEGA) es va realitzar (etapa 3, fig. 1). Les variants que mostraven associació nominal (P <{15}},05) amb="" t2d="" es="" van="" excloure="" per="" eliminar="" les="" variants="" associades="" a="">
Anàlisi d'extensió de l'ESKD no diabètic i metaanàlisi d'ESKD per totes les causes
Les variants genètiques que mostraven una associació suggeridora amb T2D-ESKD (P <1 × 10−5) però no associades amb T2D es van examinar en una cohort d'ESKD no diabètica que inclou 1910 casos d'ESKD no diabètics i 908 controls de nefropatia no diabètics de la Conjunt de dades WFSM-MEGA per a l'associació amb etiologies no diabèticsmalaltia de ronyó(etapa 4). Les variants que mostraven associació nominal (P <0.05) es="" van="" provar="" en="" una="" metaanàlisi="" d'eskd="" per="" totes="" les="" causes="" utilitzant="" tots="" els="" t2d-eskd,="" eskd="" no="" diabètics="" i="" controls="" dels="" tres="" conjunts="" de="" dades="" (="" n="12,319," affy6.0,="" axioma,="" mega)="" (fig.="" 1).="" aquesta="" metaanàlisi="" va="" avaluar="" si="" les="" associacions="" t2d-eskd="" van="" contribuir="" al="" risc="" d'eskd="" per="" totes="" les="" causes.="" també="" vam="" buscar="" les="" nostres="" principals="" variants="" associades="" a="" la="" malaltia="" renal="" per="" a="" una="" associació="" putativa="" amb="" t2d="" en="" aa="" del="" consorci="" media="" (n="15," 043="" casos="" i="" 22.318="" controls);="" snps="" amb="" p=""><0, 05="" després="" d'eliminar="" múltiples="" correccions="" de="">
Exclusió de portadors del genotip de risc APOL1
Els al·lels APOL1 G1 i G2 contribueixen al risc demalaltia renal no diabètica[6, 48]. Per minimitzar la classificació errònia de T2D-ESKD, es va realitzar una segona anàlisi excloent els portadors de dos variants de risc renal APOL1 i aquells amb genotips APOL1 desapareguts de casos d'ESKD T2D i controls no diabètics i no nefropaties (model negatiu APOL1- ). Aquesta anàlisi va reduir l'heterogeneïtat de la població malgrat reduir la mida de la mostra i tenir una potència estadística menor. Concretament, 308 casos T2D-ESKD i 630 controls dels conjunts de dades Affy6.0, 323 casos T2D-ESKD i 113 controls del conjunt de dades Axiom i 33 casos T2D-ESKD i 175 controls del conjunt de dades MEGA van ser eliminats. A més, vam eliminar 891 dels casos ESKD de 1910 per totes les causes. Aquesta anàlisi pot desemmascarar els efectes d'altres loci ESKD no diabètics més enllà d'APOL1. Els individus es consideraven portadors de variants de risc renal APOL1 si portaven dos al·lels G1 (rs60910145 al·lel G, rs73885319 al·lel G), dos al·lels G2 (rs143830837, supressió en el marc de 6 parells de bases) o eren heterozigots compostos i un (un G1). al·lel G2) [6].
Caracterització funcional
Es van seleccionar els proxys de variants associades a T2D-ESKD significatives a tot el genoma (r2 superior o igual a 0.7 en 1.000 genomes AFR de població) de la línia de base i dels models negatius APOL1- mitjançant LDlink [49 ]. A continuació, es van consultar les variants i els intermediaris principals per obtenir anotacions funcionals d'HaploReg [50], que incloïa l'estat de la cromatina i l'anotació d'unió a proteïnes dels projectes Roadmap Epigenomics [51] i ENCODE [52], conservació de seqüències entre mamífers, efectes de variants en la regulació. motius i expressió gènica dels estudis QTL.
Cistanche deserticola prevé la malaltia renal, feu clic aquí per obtenir la mostra
Referències
1. el Sistema de Dades Renals dels Estats Units. Informe anual de dades de l'USRDS 2016: Epidemiologia de la malaltia renal als Estats Units. Instituts Nacionals de Salut, Institut Nacional de Diabetis i Malalties Digestives i Renals, Bethesda, MD, 2016.
2. de Boer IH, Rue TC, Hall YN, et al. Tendències temporals en la prevalença de la malaltia renal diabètica als Estats Units. JAMA. 2011;305:2532–9.
3. Spray BJ, Atassi NG, Tuttle AB, et al. Risc familiar, edat d'inici i causa de malaltia renal en fase terminal en els americans blancs. J Am Soc Nephrol. 1995;5: 1806–10.
4. Freedman BI, Tuttle AB, Spray BJ. Predisposició familiar a la nefropatia en afroamericans amb diabetis mellitus no dependent de la insulina. Am J Kidney Dis. 1995;25:710–3.
5. Tzur S, Rosset S, Shemer R, et al. Mutacions sense sentit a l'APOL1. Hum Genet. 2010;128:345–50.
6. Genovese G, Friedman DJ, Ross MD, et al. Associació de variants tripanolítices d'ApoL1 amb malaltia renal en afroamericans. Ciència. 2010;329:841–5.
7. Kopp JB, Nelson GW, Sampath K, et al. Variants genètiques APOL1 en la glomeruloesclerosi segmentària focal i la nefropatia associada al VIH. JASON. 2011; 22:2129–37.
8. Kottgen A, Pattaro C, Boger CA, et al. Múltiples nous loci associats amb la funció renal i la malaltia renal crònica: el consorci CKDGen. Nat Genet. 2010;42:376–84.
9. Pattaro C, Kottgen A, Teumer A, et al. L'associació a tot el genoma i el seguiment funcional revela nous loci per a la funció renal. PLoS Genet; 8. Epub abans de la impressió març de 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002584.
10. Pattaro C, Teumer A, Gorski M, et al. Les associacions genètiques en 53 loci destaquen els tipus cel·lulars i les vies biològiques rellevants per a la funció renal. Nat Commun. 2016;7:10023.
11. Tin A, Colantuoni E, Boerwinkle E, et al. Ús de múltiples mesures per a anàlisis quantitatives d'associació de trets: aplicació a la taxa de filtració glomerular estimada (eGFR). J Hum Genet. 2013;58:461–6.
12. Maeda S. Cerca a tot el genoma del gen de susceptibilitat a la nefropatia diabètica mitjançant SNP basat en gens. Diabetes Res Clin Pract. 2004;66:S45–7.
13. Pezzolesi MG, Poznik GD, Mychaleckyj JC, et al. Exploració d'associació a tot el genoma per a gens de susceptibilitat a la nefropatia diabètica en diabetis tipus 1. Diabetis. 2009;58:1403–10.
14. McDonough CW, Palmer ND, Hicks PJ, et al. Un estudi d'associació a tot el genoma per a gens de nefropatia diabètica en afroamericans. Ronyó Int. 2011;79:563–72.
15. Sandholm N, Salem RM, McKnight AJ, et al. Nous loci de susceptibilitat associats a la malaltia renal en la diabetis tipus 1. PLoS Genet. 8. Epub abans de la impressió setembre de 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002921.
16. Sandholm N, Zuydam NV, Ahlqvist E, et al. El paisatge genètic de les complicacions renals en la diabetis tipus 1. JASN. 2017;28:557–74.
17. Iyengar SK, Sedor JR, Freedman BI, et al. Associació a tot el genoma i metaanàlisi transètnica per a la malaltia renal diabètica avançada: investigació familiar de nefropatia i diabetis (FIND). PLoS Genet. 2015;11:e1005352.
18. Mahajan A, Rodan AR, Le TH, et al. El mapeig fi transètnic destaca els gens de la funció renal vinculats a la sensibilitat a la sal. Am J Hum Genet. 2016;99:636–46.
19. Tayo BO, Kramer H, Salako BL, et al. La variació genètica en els gens APOL1 i MYH9 s'associa amb la malaltia renal crònica entre els nigerians. Int Urol Nephrol. 2013;45:485–94.
20. Palmer ND, McDonough CW, Hicks PJ, et al. Una cerca d'associació a tot el genoma de gens de diabetis tipus 2 en afroamericans. PLoS One. 2012; 7:e29202.
21. Zhang P, Chen Y, Cheng Y, et al. L'esfingomielinasa alcalina (NPP7) afavoreix l'absorció de colesterol afectant els nivells d'esfingomielina a l'intestí: un estudi amb ratolins eliminadors de NPP7. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol. 2014;306:G903–8.
22. Chang YH, Chang DM, Lin KC, et al. Colesterol de lipoproteïnes d'alta densitat i risc de nefropatia en pacients diabètics tipus 2. Nutr Metab Cardiovasc Dis. 2013;23:751–7.
23. Williams AN, Conway BN. Efecte del colesterol de lipoproteïnes d'alta densitat sobre la relació del ferro sèric i l'hemoglobina amb la funció renal en la diabetis. J Diabetes Complicat Epub abans de la impressió el 29 de març de 2017.
24. Ceriello A, De Cosmo S, Rossi MC, et al. Variabilitat en HbA1c, pressió arterial, paràmetres lipídics i àcid úric sèric i risc de desenvolupament de malaltia renal crònica en diabetis tipus 2. Diabetes Obes Metab Epub abans de la impressió el 21 d'abril de 2017.
25. Schwindinger WF, Betz KS, Giger KE, et al. La pèrdua de la proteïna G gamma 7 altera el comportament i redueix el nivell d'alfa (olf) estriatal i la producció d'AMPc. J Biol Chem. 2003;278:6575–9.
26. Ohta M, Mimori K, Fukuyoshi Y, et al. Importància clínica de l'expressió reduïda de la proteïna G gamma 7 (GNG7) en el càncer d'esòfag. Br J Càncer. 2008;98:410–7.
27. Demokan S, Chuang AY, Chang X, et al. Identificació de la proteïna d'unió a nucleòtids de guanina -7 com a gen silenciat epigenèticament en càncer de cap i coll mitjançant el perfil d'expressió gènica. Int J Oncol. 2013;42:1427–36.
28. Chu AY, Deng X, Fisher VA, et al. La metaanàlisi de tot el genoma multiètnic dels dipòsits de greix ectòpic identifica els loci associats amb el desenvolupament i la diferenciació d'adipòcits. Nat Genet. 2017;49:125–30.
29. Zoppini G, Targher G, Chochol M, et al. Predictors de la disminució estimada de la GFR en pacients amb diabetis tipus 2 i funció renal preservada. CJASN. 2012;7:401–8.
30. Bowden DW, Colicigno CJ, Langefeld CD, et al. Una exploració del genoma per a la nefropatia diabètica en afroamericans. Ronyó Int. 2004;66:1517–26.
31. Freedman BI, Bowden DW, Rich SS, et al. Una exploració del genoma per a totes les causes de malaltia renal en fase final en afroamericans. Trasplantament de Nephrol Dial. 2005;20:712–8.
32. Hicks PJ, Staten JL, Palmer ND, et al. Anàlisi d'associació del gen ephrin-B2 en afroamericans amb malaltia renal en fase terminal. Sóc J Nephrol. 2008;28:914–20.
33. Takahashi T, Takahashi K, Gerety S, et al. Expressió temporalment compartimentada de l'efrina-B2 durant el desenvolupament glomerular renal. JASN. 2001; 12:2673–82.
34. Kida Y, Ieronimakis N, Schrimpf C, et al. La senyalització inversa d'EphrinB2 protegeix contra la rarefacció capil·lar i la fibrosi després d'una lesió renal. J Am Soc Nephrol. 2013;24:559–72.
35. Hashimoto T, Karasawa T, Saito A, et al. L'efrina-B1 es localitza al diafragma de l'escletxa del podòcit glomerular. Ronyó Int. 2007;72:954–64.
36. Andres AC, Munarini N, Djonov V, et al. Els ratolins transgènics del receptor de tirosina cinasa EphB4 desenvolupen glomerulopaties que recorden les derivacions vasculars glomerulars. Mec Dev. 2003;120:511–6.
37. Consorci del Projecte 1000 Genomes. Un referent mundial per a la variació genètica humana. Naturalesa. 2015;526:68–74.
38. Gurdasani D, Carstensen T, Tekola-Ayele F, et al. El projecte de variació del genoma africà dóna forma a la genètica mèdica a l'Àfrica. Naturalesa. 2015;517:327–32.
39. Delaneau O, Marchini J, Zagury JF. Un mètode de complexitat lineal per a milers de genomes. Mètodes Nat. 2011;9:179–81.
40. Marchini J, Howie B, Myers S, et al. Un nou mètode multipunt per a estudis d'associació a tot el genoma per imputación de genotips. Nat Genet. 2007;39:906–13.
41. Ng MCY, Saxena R, Li J, et al. Transferència i cartografia fina dels loci de diabetis tipus 2 en afroamericans: l'estudi Resource Plus de la Candidate Gene Association. Diabetis. 2013;62:965–76.
42. Guan M, Ma J, Keaton JM, et al. Associació de variants de gens relacionats amb l'estructura del ronyó amb malaltia renal en fase terminal atribuïda a la diabetis tipus 2 en afroamericans. Hum Genet. 2016;135:1251–62.
43. Bien SA, Wojcik GL, Zubair N, et al. Estratègies per enriquir la cobertura de variants en loci de malaltia candidata en una matriu de genotipat multiètnic. PLoS One. 2016;11:e0167758.
44. Consorci del Projecte 1000 Genomes. Un mapa de la variació del genoma humà a partir de la seqüenciació a escala poblacional. Naturalesa. 2010;467:1061–73.
45. Chen H, Wang C, Conomos MP, et al. control de l'estructura de la població i la relació de trets binaris en estudis d'associació genètica mitjançant models logístics mixts. Am J Hum Genet. 2016;98:653–66.
46. Patterson N, Price AL, Reich D. Population structure and Eigenanalysis. PLoS Genet. 2006;2:e190.
47. Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METAL: una metaanàlisi ràpida i eficaç de les exploracions d'associació de tot el genoma. Bioinformàtica. 2010;26:2190–1.
48. Freedman BI, Langefeld CD, Lu L, et al. Efectes diferencials de les variants de risc MYH9 i APOL1 sobre l'associació de FRMD3 amb ESRD diabètic en afroamericans. PLoS Genet. 2011;7:e1002150.
49. Machiela MJ, Chanock SJ. LDlink: una aplicació basada en web per explorar l'estructura de l'haplotip específic de la població i enllaçar al·lels correlacionats de possibles variants funcionals. Bioinformàtica. 2015;31:3555–7.
50. Ward LD, Kellis M. HaploReg: un recurs per explorar els estats de la cromatina, la conservació i les alteracions del motiu regulador dins de conjunts de variants enllaçades genèticament. Àcids nucleics Res. 2012;40:D930–4.
51. Full de ruta Consorci d'Epigenòmica. Kundaje a, Meuleman W, et al. anàlisi integradora de 111 epigenomes humans de referència. Naturalesa. 2015;518:317–30.
52. El Consorci del Projecte ENCODE. Una enciclopèdia integrada d'elements d'ADN en el genoma humà. Naturalesa. 2012;489:57–74.