Anàlisi del tubular proximal i del glomèrul del ronyó
Mar 15, 2022
Contacte:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791
Perfil de proteòmica gairebé unicel·lular del tubular proximal i del glomèrul del ronyó humà normal--Part II
Tara K. Sigdel1, Paul D. Piehowski2, Sudeshna Roy1, Juliane Liberto1, Joshua R. Hansen2, Adam C. Swensen2, Rui Zhao3, Ying Zhu3, Priyanka Rashmi1, Andrew Schroeder1, Izabella Damm1, Swastika Sud1, Jinghui Luo4, Yingbao Yang4, Wei-Jun Qian2* i Minnie M. Sarwal1* per al Consorci Kidney Precision Medicine Project (KPMP).
Resultats
La recollida de ronyó congelat OCT és el mètode preferit per a la proteòmica del teixit renal
Per a la mateixa quantitat de teixit d'entrada, OCT congelatronyóva produir més proteïnes que les seccions de FFPE del mateix ronyó (OCT congelat: 1871 ± 92 vs. FFPE: 296 ± 10 ng de proteïna; p <0, 0017) cosa que suggereix una possible degradació de proteïnes en FFPE, tot i que el teixit està incrustat en parafina. blocs per<2 months.="" bulk="" proteomics="" data="" from="" the="" two="" human="">ronyons(#1, #2) va demostrar una superposició significativa de proteïnes identificades amb un 84% de solapament entre els 2 ronyons OCT (límit de reproductibilitat=13,52, valors del 97,96% dins del límit de reproductibilitat) i un 83% de superposició del mateix ronyó. proteïnes entre els 2 ronyons FFPE (límit de reproductibilitat=24,43, valors del 98,5 per cent dins del límit de reproductibilitat) (taula suplementària 1 i figura 2B). Dins de cada ronyó, independentment del mètode d'emmagatzematge de teixits, es van conservar ~ 70 per cent de les proteïnes estructurals del ronyó (majoritàriament matriu extracel·lular), cosa que suggereix que algunes proteïnes es van detectar de manera més preferent per cada mètode. Per avaluar quin enriquiment de proteïnes s'observa entre diferents mètodes de recollida, vam trobar que la proteòmica dels teixits OCT va produir més proteïnes amb uns recomptes espectrals elevats superiors o iguals a 5 (proporció de probabilitats=1,460601; interval de confiança del 95% {{21} }.238969, 1.722593; p=4.472e{-06), que pot reflectir una millor preservació del teixit renal en OCT (figura 2C). L'anàlisi proteòmica del teixit OCT també va mostrar més proteïnes úniques en comparació amb el teixit FFPE (odds ratio=3.207089; interval de confiança del 95%=2.371221, 4.370600; p=4.985e{{{ 38}}) (Figura 2D). A més, es va trobar que moltes d'aquestes proteïnes úniques eren de poca abundància i és més probable que es perdin, fins i tot amb temps de conservació molt curts del teixit renal en FFPE. Independentment del mètode de preservació de teixits, vam observar que hi havia una forta superposició en les vies biològiques comunes. Les vies incloïen processos metabòlics de molècules petites (p=2.59E{-121 per a OCT i p=2.15E{-109 per a FFPE), procés metabòlic de l'àcid carboxílic (p {{47} }},62E-80 per a OCT i p=1,93 E{-76 per a FFPE), processos metabòlics d'àcids orgànics (p=1,26E{-76 per a OCT i p=3,62E{-80 per a FFPE) i processos de metabolisme de fàrmacs (p=7,90E{-83 per a OCT i p=4,01E{{64} } per a FFPE). Aquestes dades posen de manifest com la proteòmica del teixit renal és altament reproduïble, independentment del mètode de preservació del teixit per als dos mètodes provats.
La proteòmica del teixit renal és altament reproducible en el teixit renal congelat OCT transportat
Es van analitzar les dades generades als dos llocs (UCSF i Ohio State University) que seguien el mateix protocol per realitzar proteòmica a granel, tal com es descriu a la secció de mètodes. Sorprenentment, aproximadament el 70 per cent de proteïnes es van identificar habitualment en el mateixronyóprocessat en dos llocs diferents amb un recompte espectral superior o igual a 5 (r=0.95, P <0.0001) (dades="" brutes="" proporcionades="" a="" la="" taula="" suplementària="" 2).="" el="" més="" important,="" els="">ronyonsenviat des d'un lloc central va produir dades altament correlacionades (r=0.89, P=0.0001) (Taula suplementària 2), donant suport que els protocols analítics de processament de teixits existents eren bastant robusts.
Optimització de la captura de cèl·lules renals mitjançant la microdissecció de captura làser (LCM)
Gruixos variables de seccions d'OCT muntades sobre diapositives de PET de les mateixesronyó(n=2) es van provar a 5, 10 i 20 μm de gruix, per triplicat, per a la repetibilitat de LCM. Es va trobar que la secció de 10 μm era la més òptima a les proves LCM en sèrie, utilitzant el sistema de microdissecció làser Zeiss PALM MicroBeam (Cut Energy, 64; Cut Focus, 75). Les cèl·lules tallades es van capturar amb taps adhesius. A més de la repetibilitat del procés LCM, també vam trobar la màxima eficiència de captura de cèl·lules catapultades a un gruix de secció OCT de 10 μm.
La proteòmica de les cèl·lules del subcompartiment al ronyó humà normal identifica proteïnes tubulars glomerulars i proximals enriquides i úniques
A través dels 9 humans normalsronyonsprocessed by nscProteomics, with input of an average of 10–40 cells input each/Glom and PT fraction, we identified an average of ~2,560 proteins/sample. Interestingly, ~20% of the total proteins assessed by nscProteomics, from either sub-compartment overlapped across compartments/cells and bulk tissue, representing likely housekeeping or more structural kidney proteins that are not compartment specific. In a direct comparison of the two sub-compartments, 208 proteins were enriched (>2 fold) in Glom, and 67 were completely unique to Glom (absent in PT); and conversely, 247 proteins were enriched (>2 vegades) a PT i 25 eren únics de PT (absent a Glom) (taula suplementària 3). Malgrat el conjunt de mostres relativament petit, també vam realitzar una validació de lots creuats, tractant cada lot d'execucions com un conjunt independent. Fins i tot amb un petit conjunt únic deronyons(2 al lot 1, 4 al lot 2), 210 proteïnes enriquides amb Glom estaven altament correlacionades entre els dos conjunts independents, tot i que aquestes dades provenien de diferents cohorts de normals.ronyons(r=0,83; figura 3A) i analitzat en diferents moments. 246 Les proteïnes enriquides amb PT també es podrien correlacionar entre les dues cohorts diferents de ronyons normals (r=0.77; Figura 3B). Els resultats posen de manifest que nscProteomics és capaç d'identificar proteïnes específiques de subcompartiment conservades a diferents unitats funcionals del ronyó de manera reproducible.
Figura 3. (A) Correlació d'un conjunt de 210 proteïnes significativament enriquides englomèrulentre dos lots diferents de mostres de ronyó independents. El lot 1 (execució 1) era de 2 ronyons i el lot 2 (execució 2) era de 4 ronyons. L'escala de colors es va seleccionar per a la representació visual de l'abundància. Una forta correlació positiva de 0.83 entre les abundàncies mitjanes del mateix conjunt de proteïnes de dos lots diferents. Les línies discontínues vermelles donen una mesura de la propagació en representar l'interval de predicció del 95 per cent dels valors d'abundància mitjans d'aquestes proteïnes en futurs experiments repetits. (B) Correlació de 246 proteïnes significativament enriquidestúbuls proximalsvs.glomèrulentre els dos lots. Una correlació positiva de 0,77 entre les abundàncies mitjanes d'aquestes mateixes proteïnes entre els dos lots.
Determinar l'especificitat de l'enfocament nscProtoemics perronyóanàlisi del subcompartiment, vam comparar les dades de Glom i PT del subcompartiment renal de nscProteomics amb la proteòmica a granel del mateix conjunt de teixit renal. Vam trobar que ~ 25 per cent (n=656) de les proteïnes identificades als dos subcompartiments ni tan sols es van detectar per la proteòmica dels teixits a granel, ja que probablement eren d'abundància molt baixa a la mostra a granel; Les proteïnes enriquides amb 118 Glom i 74 PT no es van poder detectar al ronyó a granel, cosa que destaca la limitació de fer només proteòmica de teixits a granel. Només el 9 per cent de les proteïnes específiques de Glom, però un nombre més gran de proteïnes específiques de PT del 48 per cent, es van identificar mitjançant proteòmica a granel renal, que reflecteix l'abundància molt més gran de cèl·lules PT sobre les cèl·lules Glom en el normal.ronyó. De fet, alguns marcadors coneguts per a cèl·lules glomerulars com la podocina (NPHS2), l'homòleg B de l'eva-1 (EVA1B), el MARCKS com 1 (MARCKSL1), el factor de creixement de fibroblasts 1 (FGF1) i la claudina 5 (CLDN5) podrien no s'identifica per proteòmica a granel del ronyó a profunditats estàndard de ~2,000.
cistanche per millorarronyófunció
Validació dels marcadors Glom i PT avaluats per nscProteomics
La majoria de les proteïnes del subcompartiment es van informar com a detectades aronyóper IHC en dades publicades anteriorment (Human Protein Atlas) (25). Les proteïnes que no van ser detectades per IHC (etiquetat amb *) o dades no disponibles (etiquetades amb **) s'indiquen a les figures 4A, B. Vam agafar les 26 proteïnes enriquides amb glom i les 26 proteïnes específiques de PT i vam interrogar unicel·lular dades transcriptòmiques (dades de scRNA Seq) per a la integració i validació "cross-omics" (figura 4B). El resultat de l'anàlisi integradora dels principals marcadors Glom i PT per proteòmica i transcriptòmica va demostrar una forta correlació d'algunes de les proteïnes conegudes dels marcadors Glom i PT. Els marcadors de podòcits com PODXL i CLIC5 i marcadors PT com PDZK1 i ANPEP es van enriquir molt en ambdós conjunts de dades. A part de validar marcadors coneguts, nscProteomics també ha identificat proteïnes que s'identifiquen amb poca abundància en els conjunts de dades transcriptòmiques o en els conjunts de dades IHC. Per exemple, PITPNB és un marcador glomerular molt enriquit per les dades de nscProteomics; tanmateix, la detecció d'aquest gen era baixa en dades transcriptòmiques i no era detectada per IHC (25). Es va observar un cas similar amb SLC5A1, el senyal del qual es va millorar en les dades de nscProteomics però no en els conjunts de dades transcriptòmiques o IHC (figura 4C).
Figura 4. (A) Mapa de calor que mostra la distribució diferencial de l'abundància de proteïnes en 5 normalsronyons(lot 2), de 26 proteïnes (de 372) més significativament enriquides en G (vs T) i 26 proteïnes (de 411) més significativament enriquides en T (vs G), amb els valors corresponents en 2 mostres a granel mostrades per a la comparació . Les abundàncies de proteïnes es mesuren com a intensitats relatives transformades en log 2. L'agrupació no supervisada de proteïnes significatives destaca conjunts de proteïnes relacionades per mesura de similitud de distància euclidiana dins dels conjunts enriquits diferenciats més grans. S'observa que les mostres a granel s'agrupen juntament amb mostres PT; això s'espera des de llavorstúbuls proximalsestan abundantment dispersos dins delronyó. (B) Correlació de la trama d'expressió gènica de dades de scRNA-seq d'humàronyó. Es van seleccionar els gens que codifiquen proteïnes específiques de Glom i específiques de PT presentades al mapa de calor. L'augment de la mida del punt correspon a un percentatge més gran de cèl·lules de la població cel·lular que expressen el gen, mentre que un color més fosc correspon a una expressió més alta del gen. PT,tubular proximal; Podo, podòcits; Mes, cèl·lules mesangials; LOH, bucle de Henle, cèl·lules immunitàries; Endo, cèl·lules endotelials; DT, túbuls distals; CD, conducte col·lector. *El signe al costat del símbol del gen indica que la proteïna no s'ha detectat als glomèruls tal com informa l'Atles de proteïnes humanes (https://www.proteinatlas.org), **Dades no disponibles a l'Atles de proteïnes humanes (https://www.proteinatlas.org). proteinatlas.org). (C) Proteïnes representatives que demostren com nscProteomics no només identifica marcadors positius com PODXL i PDZK1, sinó que també identifica marcadors de proteïnes com els que, d'altra manera, no es troben a la transcriptòmica o la immunohistoquímica.
Rellevància biològica de les proteïnes enriquides amb Glom i PT
Hem utilitzat les dades generades mitjançant el protocol desenvolupat per a nscProteomics per analitzar les proteïnes que es van enriquir significativament tant a les cèl·lules glomerulars com a lestubular proximalcèl · lules. Les 208 proteïnes enriquides amb Glom es van enriquir en el transport mediat per vesícules (FDR 3.6E-15) i la regulació de l'organització dels components cel·lulars (FDR 9.75E-14) com a processos biològics principals i unió a proteïnes del citoesquelet (FDR 2.63). E-19) i la unió a l'actina (FDR 2.40E-17) entre les funcions moleculars de primer ordre. A més, el citoesquelet d'actina (FDR 3,73 E-25) i l'adhesió focal (FDR 4,07E-20) van ser els components cel·lulars més enriquits. Les 247 proteïnes enriquides amb PT es van enriquir en processos metabòlics de molècules petites (FDR 7.55E-50) i processos metabòlics de fàrmacs (FDR 5.00E{-41) com a processos biològics principals. Les proteïnes es van enriquir per a l'activitat de l'oxidoreductasa (FDR 9.07E-34) i l'activitat catalítica (FDR 1.05E-27) entre les funcions moleculars més destacades.
nscProteomics identifica un conjunt únic de proteïnes Glom i PT
A part de les proteïnes enriquides a les seccions Glom o PT, 92 proteïnes eren úniques de Glom (n=67) o úniques de PT (n=25), ja que només es van identificar a les cèl·lules glomerulars. o eltubular proximalcel·les (taula 1). Les proteïnes identificades només a les cèl·lules glomerulars es van enriquir en funcions moleculars com ara la unió a l'actina (FDR 4.92E-06), la unió a proteïnes del citoesquelet (FDR 3.47E{-05), la unió a integrines (3.9E{-06). {11}}), etc. Hem utilitzat aquesta llista per interrogar les dades disponibles públicament que havien informat anteriorment de la seva presència alglomèrul. Entre les 67 proteïnes identificades només a les seccions Glom, s'ha informat que 41 estan presents a laronyó(25). D'aquestes 41 proteïnes, un subconjunt de 18 (43,9 per cent) estan d'acord amb nscProteomics i 23 (56,1 per cent) no s'han incrementat a Glom en comparació amb els túbuls. Entre les 25 proteïnes identificades només a les seccions de PT, s'ha informat que 20 estan presents a laronyó(25). Aquestes proteïnes estan enriquides en funcions moleculars com l'activitat del transportador transmembrana d'anions orgànics (FDR 6.34E-05), l'activitat del transportador transmembrana d'àcid carboxílic (FDR 1.4E-04), l'activitat de solut: transportador de sodi (FDR 1.8 E). -04), etc. De les 25 proteïnes específiques de PT, un subconjunt de 19 proteïnes (95.0 per cent ) estan d'acord amb nscProteomics i només 1 (5.0 per cent ) és es va informar que no augmentava els túbuls en comparació amb Glom.
Taula 1. Proteïnes enriquides en glomerulars itubular proximalcèl·lules identificades per nscProteomics.
Discussió
Amb el ràpid avenç de la genòmica unicel·lular i els assajos transcriptòmics, encara hi ha una necessitat insatisfeta de fer estudis paral·lels unicel·lulars sobre mostres humanes precioses en el camp de la proteòmica (27). El perfil de proteïnes a partir de cares unicel·lulars dificulta la virtut que no tenim capacitat d'amplificació de proteïnes de la manera com podem amplificar els nucleòtids. En aquesta primera aplicació de proteòmica gairebé unicel·lular a l'ésser humàronyó, demostrem que la quantificació proteòmica robusta sense etiquetes és factible per a només 40ronyócèl·lules, específiques de diferents subcompartiments de LCM. Els protocols desenvolupats per a la proteòmica renal gairebé unicel·lular seran de benefici per a altres investigadors que treballen en el camp de les malalties renals.
Un estudi recent de Hoehne et al. va demostrar l'ús de la tecnologia de preparació de mostres millorada en fase sòlida d'un sol pot (SP3) per a l'anàlisi proteòmica de segments renals (4). Utilitzant glomèruls microdissecats únics amb ~ 200 cèl·lules, els autors van il·lustrar l'heterogeneïtat dels proteomes de glomèruls únics de models de ratolí i pacients humans. Un altre estudi recent de Song et al. (28) van utilitzar teixit FFPE de receptors de trasplantament renal per crear una plataforma de diagnòstic molecular mitjançant proteòmica a granel. En aquest manuscrit, hem optimitzat i analitzat amb gran detall el procés de recollida de teixits a MS per establir un protocol estàndard per a l'anàlisi proteòmica de mostres de teixit petites. En primer lloc, vam comparar el mètode d'emmagatzematge de teixits FFPE amb OCT per demostrar que, tot i que hi ha una alta correlació entre els dos conjunts de dades, el teixit OCT produeix un contingut de proteïnes més elevat i, el que és més important, la capacitat d'identificar proteïnes d'abundància baixa. En segon lloc, s'han optimitzat els protocols MS per a la proteòmica massiva de manera que es poden obtenir resultats altament reproduïbles (r=0.95) en llocs dispars en talls en sèrie, adjacents.ronyóseccions de teixit. En tercer lloc, es descriu un enfocament per acoblar la microdissecció de captura làser per reduir la quantitat de mostra d'entrada a 10-40 cèl·lules amb una tecnologia nano POTS que consisteix en una plataforma robòtica per manejar amb precisió volums de picolitre. El nostre enfocament ens permet controlar el nombre d'entrada de cèl·lules millorant així la reproductibilitat de diferents mostres de glom i túbuls. A causa de la senzillesa de LCM i la precisió de la tecnologia nano POTS, creiem que el nostre estudi permetrà l'adopció de proteòmica en exemplars clínics preciosos d'una manera reproduïble.
cistanche per tractarronyófunció
Les limitacions d'aquest estudi inclouen la petita mida de la mostra i la limitació del teixit que no ens va permetre fer la validació espacial dels teixits per immunohistoquímica. Per pal·liar parcialment aquesta limitació, proporcionem anàlisi de dades integrada amb dades de scRNA Seq dels mateixos teixits per confirmar que les proteïnes identificades aronyóEls subcompartiments també s'identifiquen a la mateixa cèl·lula de teixit originari per transcripció. Una limitació addicional és que identifiquem un nombre restringit de proteïnes per nscProteomics, probablement a causa del petit material d'entrada, que corre el risc que algunes proteïnes no siguin identificades per l'EM, ja que podrien agradar per sota del límit de detecció d'instruments. La millora de la sensibilitat de l'instrument i l'extracció de proteïnes a partir d'entrada de mostres petites poden ajudar a millorar aquesta limitació actual.
Reconeixem que hi ha moltes variables que poden contribuir a la qualitat de les dades. El temps d'emmagatzematge, els fixadors FFPE (és a dir, PFA vs. Glutaraldehid), el temps al fixador, el temps al congelador/en gel sec/en nitrogen líquid, els enfocaments per a la solubilització de proteïnes són alguns factors que podrien contribuir als resultats de la proteòmica. És important adonar-se que fins i tot la biologia de dosronyonsno sempre és el mateix i això és cert fins i tot dins dels mateixos ronyons que els glomèruls dels mateixosronyóles biòpsies poden estar en un estat funcional diferent. Histològicament,ronyóels compartiments són extremadament heterogenis fins i tot dins de la mateixa malaltia. En capturar les mateixes regions del ronyó a partir de diferents mostres d'entrada, nscProteomics permet la interrogació de l'heterogeneïtat dins de compartiments subcel·lulars específics, que és una fortalesa d'aquesta tecnologia.
Hem observat que algunes proteïnes del subcompartiment identificades per nscProtoemics són potencialment noves i glomerulars.tubular proximalproteïnes. Innovacions en l'anàlisi integradora de dades amb ARN unicel·lular Seq del mateixronyóles mostres, tot i que preliminars, confirmarien que aquestes proteïnes estan realment localitzades a les seves subregions mostrejades/previstes.
Aquest estudi proporciona informació sobre la complexitat no descoberta dels patrons molecularsronyósubcompartiments en salut i dóna suport a l'aplicació d'aquesta tecnologia a mostres de malalties renals per entendre la pertorbació de proteïnes en diferents subcompartiments renals que es poden veure afectats preferentment en diferents trastorns renals. La regulació diferencial d'aquestes proteïnes en diferents malalties renals podria descobrir una heterogeneïtat clínica i pronòstica en fenotips complexos de malalties glomerulars i tubulars i descobrir nous desencadenants de dany i recuperació renal. A més, donada l'escassetat de fàrmacs protectors renals, descobrir aquestes noves vies en regions específiques del ronyó pot proporcionar nous objectius importants per al disseny racional de fàrmacs per abordar lesions específiques de diferents subcompartiments en una varietat de trastorns renals.
Així, en conclusió, presentem un flux de treball de nscproteomics per manejar 10-40ronyócèl · lules; La millora d'aquesta tecnologia comporta la promesa de reduir el material d'entrada en el futur al nivell d'una sola cèl·lula. Hi ha desenvolupaments futurs, com ara volums de processament optimitzats i perfeccionaments addicionals a la plataforma LC-MS.
Declaració de disponibilitat de dades
Els conjunts de dades generats per a aquest estudi es poden trobar al PRIDE PXD015058 i 10.6019/PXD015058.
Aportacions de l'autor
TS i MS van conceptualitzar l'estudi. TS, JLi, JH, ACS, RZ, YZ, PR, ID, SS, JLu i YY van ajudar en el processament de mostres i la generació de dades experimentals, TS, PP, SR, AS, W-JQ i MS van contribuir en l'anàlisi de dades i preparació de manuscrits. Tots els autors van contribuir a l'article i van aprovar la versió enviada.
Finançament
El finançament d'aquest treball va ser delRonyóProjecte de medicina de precisió, NIDDK NIHUG3 -DK114937 (MS) i R01 DK109720-02 (MS), DP3 DK110844 (W-JQ), R01 DK122160 (W-JQ) i suport de la Divisió de Multi -Transplantament d'òrgans (EM).
Conflicte d'interessos
Els autors declaren que la investigació es va dur a terme en absència de cap relació comercial o financera que es pugui interpretar com un potencial conflicte d'interessos.
Agraïments
Agraïm l'ajuda de Zoltan Laszik i Gyula Szabo de la UCSF per ajudar amb el processament de teixits. Samir Parekh i Brad Rovin de la Universitat Estatal d'Ohio (OSU), per col·laboracions d'especificacions massives sobre proteòmica a granel i el control de qualitat per al teixit proteòmic a granel compartit entre UCSF i OSU, i Jeff Hodgin i Matthias Kretzler de la Universitat de Michigan per facilitar l'accés a la referènciaronyómostres. Alguns dels treballs experimentals que es descriuen aquí es van realitzar al Laboratori de Ciències Moleculars Ambientals del Pacific Northwest National Laboratory, una instal·lació científica nacional d'usuaris patrocinada pel Departament d'Energia amb Contract DEAC05-76RL0 1830.
Material complementari
El material complementari d'aquest article es pot trobar en línia a: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmed.2020.00499/full#supplementary-material
Abreviatures
nscProteomics, proteòmica gairebé unicel·lular; KPMP,RonyóProjecte de Medicina de Precisió; PT,tubular proximal; Glom, glomerular; LCM, microdissecció de captura làser; μPOTS, processament de microlitres en una olla per a mostres de traça; OCT, temperatura de tall òptima; FFPE, parafina fixada en formalina incrustada; UM, Universitat de Michigan; OSU, Universitat Estatal d'Ohio; DDM, n-dodecil -D-maltòsid; scRNA Seq, seqüenciació d'ARN unicel·lular; IHC, immunohistoquímica.
De: "Perfil de proteòmica gairebé d'una sola cèl·lula del tubular proximal i del glomèrul del ronyó humà normal" deTara K. Sigdel1, Paul D. Piehowski2, Sudeshna Roy1, Juliane Liberto1, Joshua R. Hansen2, Adam C. Swensen2, Rui Zhao3, Ying Zhu3, Priyanka Rashmi1, Andrew Schroeder1, Izabella Damm1, Swastika Sud1, Jinghui Luo4, Yingbao Yang4, Wei-Jun Qian2* i Minnie M. Sarwal1* per al Consorci Kidney Precision Medicine Project (KPMP).
---Recerca original de l'article Front. Med., 17 de setembre de 2020|https://doi.org/10.3389/fmed.2020.00499
Referències
1. Lee JW, Chou CL, Knepper MA. La seqüenciació profunda en túbuls renals microdissecats identifica transcriptomes específics del segment de nefrona. J Am Soc Nephrol. (2015) 26:2669–77. doi: 10.1681/ASN.2014111067 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
2. Cisek K, Krochmal M, Klein J, Mischak H. L'aplicació de la multiòmica i la biologia de sistemes per identificar dianes terapèutiques en la malaltia crònica.ronyómalaltia. Trasplantament de Nephrol Dial. (2016) 31:2003–11. doi: 10.1093/ndt/gfv364 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
3. Wu H, Humphreys BD. La promesa de la seqüenciació d'ARN unicel·lular per aronyóinvestigació de la malaltia. Ronyó Int. (2017) 92:1334–42. doi: 10.1016/j.kint.2017.06.033 Resum de PubMed|CrossRef Text complet|Google Scholar
4. Hohne M, Frese CK, Grahammer F, Dafinger C, Ciarimboli G, Butt L, et al. Els proteomes d'una sola nefrona connecten la morfologia i la funció en la proteïnaronyómalaltia. Ronyó Int. (2018) 93:1308–19. doi: 10.1016/j.kint.2017.12.012 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
5. Wu H, Malone AF, Donnelly EL, Kirita Y, Uchimura K, Ramakrishnan SM, et al. Transcriptòmica unicel·lular d'un humàronyóLa mostra de biòpsia d'al·lograft defineix una resposta inflamatòria diversa. J Am Soc Nephrol. (2018) 29:2069–80. doi: 10.1681/ASN.2018020125 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
6. Wilson PC, Humphreys BD. Transcriptòmica unicel·lular renal i organoide: el final del principi. Pediatr Nefrol. (2019) 35:191–7. doi: 10.1007/s00467-018-4177-y PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
7. Wu H, Kirita Y, Donnelly EL, Humphreys BD. Avantatges de la seqüenciació d'ARN d'un sol nucli sobre una cèl·lula adultaronyó: tipus de cèl·lules rares i nous estats cel·lulars revelats en la fibrosi. J Am Soc Nephrol. (2019) 30:23–32. doi: 10.1681/ASN.2018090912 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
8. Shen Y, Tolic N, Massillon C, Pasa-Tolic L, Camp DG, Hixson KK, et al. Proteòmica ultrasensible mitjançant micro-SPE-nanoLC-nanoESI MS i MS/MS en línia d'alta eficiència. Química Anal. (2004) 76:144–54. doi: 10.1021/ac030096q Resum de PubMed|CrossRef Text complet|Google Scholar
9. Sun L, Zhu G, Zhao Y, Yan X, Mou S, Dovichi NJ. Una anàlisi de baix a dalt ultrasensible i ràpida de quantitats de femtogrames de digerits de proteoma complexos. Angew Chem Int Ed Engl. (2013) 52:13661–4. doi: 10.1002/anie.201308139 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
10. Zhu Y, Piechowski PD, Zhao R, Chen J, Shen Y, Moore RJ, et al. Plataforma de processament de nanodropletes per al perfil de proteoma profund i quantitatiu de 10-100 cèl·lules de mamífers. Nat Commun. (2018) 9:882. doi: 10.1038/s41467-018-03367-w
Resum de PubMed|CrossRef Text complet|Google Scholar
11. Xu K, Liang Y, Piechowski PD, Dou M, Schwarz KC, Zhao R, et al. Flux de treball de processament de mostres compatible amb bancs per al perfil de proteoma<100 mammalian="" cells.="" anal="" bioanal="" chem.="" (2018)="" 411:4587–96.="" doi:="">
Resum de PubMed|CrossRef Text complet|Google Scholar
12. Waanders LF, Chwalek K, Monetti M, Kumar C, Lammert E, Mann M. Anàlisi proteòmica quantitativa d'illots pancreàtics únics. Proc Natl Acad Sci USA. (2009) 106:18902–7. doi: 10.1073/pans.0908351106 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
13. Wisniewski JR, Ostasiewicz P, Mann M. El FASP d'alta recuperació aplicat a l'anàlisi proteòmica de teixits de càncer incrustats en parafina fixats amb formalina microdissecat recupera marcadors de càncer de còlon coneguts. J Proteoma Res. (2011) 10:3040–9. doi: 10.1021/pr200019m PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
14. Chen Q, Yan G, Gao M, Zhang X. Perfil de proteoma ultrasensible per a 100 cèl·lules vives mitjançant injecció cel·lular directa, digestió en línia i anàlisi nano-LC-MS/MS. Química Anal. (2015) 87:6674–80. doi: 10.1021/acs.analchem.5b00808 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
15. Li S, Plouffe BD, Belov AM, Ray S, Wang X, Murthy SK, et al. Una plataforma integrada per a l'aïllament, el processament i el perfil proteòmic basat en espectrometria de masses de cèl·lules rares a la sang sencera. Proteòmica de cèl·lules Mol. (2015) 14:1672–83. doi: 10.1074/MCP.M114.045724 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
16. Chen W, Wang S, Adhikari S, Deng Z, Wang L, Chen L, et al. Tecnologia basada en punta de gir senzilla i integrada aplicada per al perfil de proteoma profund. Química Anal. (2016) 88:4864–71. doi: 10.1021/acs.analchem.6b00631 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
17. Huang EL, Piechowski PD, Orton DJ, Moore RJ, Qian WJ, Casey CP, et al. SNaPP: plataforma de nanoproteòmica simplificada per a l'anàlisi proteòmica global reproduïble de quantitats de proteïnes nanogrames. Endocrinologia. (2016) 157:1307–14. doi: 10.1210/en.2015-1821 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
18. Steffes MW, Schmidt D, McCrery R, Basgen JM, International Diabetic Nephropathy Study G. Nombre de cèl·lules glomerulars en subjectes normals i en pacients diabètics tipus 1.RonyóInt. (2001) 59:2104–13. doi: 10.1046/j.1523-1755.2001.00725.x
Resum de PubMed|CrossRef Text complet|Google Scholar
19. Tyanova S, Temu T, Cox J. La plataforma computacional MaxQuant per a la proteòmica d'escopeta basada en espectrometria de masses. Nat Protoc. (2016) 11:2301–19. doi: 10.1038/nprot.2016.136 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
20. Perez-Riverol Y, Csordas A, Bai J, Bernal-Llinares M, Hewapathirana S, Kundu DJ, et al. La base de dades PRIDE i eines i recursos relacionats el 2019: millora del suport per a les dades de quantificació. Àcids nucleics Res. (2019) 47:D442–50. doi: 10.1093/var/gky1106 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
21. Estàndard I. Mètode bàsic per a la determinació de la Repetibilitat i Reproductibilitat d'un mètode de mesura estàndard, Exactitud (autenticitat i precisió) dels mètodes de mesura i resultats. Part Estàndard d'Orgue Int. (1994) 2:5725.
22. Bland JM, Altman DG. Mètodes estadístics per avaluar la concordança entre dos mètodes de mesura clínica. Lanceta. (1986) 1:307–10. doi: 10.1016/S0140-6736(86)90837-8 Resum de PubMed|CrossRef Text complet|Google Scholar
23. Lundgren DH, Hwang SI, Wu L, Han DK. Paper del recompte espectral en la proteòmica quantitativa. Expert Rev Proteòmica. (2010) 7:39–53. doi: 10.1586/epr.09.69 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
24. Webb-Robertson BJ, Mccue LA, Waters KM, Matzke MM, Jacobs JM, Metz TO, et al. Les anàlisis estadístiques combinades de les intensitats de pèptids i l'aparició de pèptids milloren la identificació de pèptids significatius a partir de dades de proteòmica basades en MS. J Proteoma Res. (2010) 9:5748–56. doi: 10.1021/pr1005247 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
25. Uhlen M, Fagerberg L, Hallstrom BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, et al. Proteòmica. Mapa basat en teixits del proteoma humà. Ciència. (2015) 347:1260419. doi: 10.1126/science.1260419 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar 26. Schroeder AW, Sur S, Rashmi P, Damm I, Zarinsefat A, Kretzler M, et al. Novel·la humanaRonyóSubconjunts cel·lulars identificats per Mux-Seq. bioRxiv [Preimpressió]. (2020) doi: 10.1101/2020.03.02.973925 CrossRef Text complet|Google Scholar
27. Marx V. Un somni de la proteòmica unicel·lular. Mètodes Nat. (2019) 16:809–12. doi: 10.1038/s41592-019-0540-6 PubMed Abstract|CrossRef Text complet|Google Scholar
28. Song L, Fang F, Liu P, Zeng G, Liu H, Zhao Y, et al. Proteòmica quantitativa per al seguiment de lesions de trasplantament renal. Proteòmica Clin Appl. (2020) 14:e1900036. doi: 10.1002/prca.201900036
Resum de PubMed|CrossRef Text complet|Google Scholar
